Instytut Nenckiego mieści się w dzielnicy Ochota, jednej z najstarszych i najpiękniejszych dzielnic w Warszawie, 6 km od warszawskiego lotniska im. F. Chopina i około 4 km od Dworca Centralnego. Ochota została zaliczona do trzech najbardziej atrakcyjnych dzielnic Warszawy. Instytut jest częścią Kampusu Ochota - dużego kampusu naukowo-badawczego o charakterze biomedycznym, w skład którego wchodzą wyższe uczelnie, instytuty badawcze, największy szpital kliniczny w Polsce, a także firmy typu start-up oraz nowoczesne placówki usługowe.