Opis:
Pracownia Neurobiologii Rozwoju i Ewolucji rozpoczyna realizację swojej części przyznanego IBD grantu “Biocentrum Ochota – infrastruktura informatyczna dla rozwoju strategicznych kierunków biologii i medycyny”, którym kieruje dr hab. Daniel Wójcik. Jednym z zadań grantu jest stworzenia wirtualnego, trójwymiarowego atlasu mózgu oposa, zwierzęcia laboratoryjnego modelowego dla badań rozwoju mózgu.

Cel:
Zadaniem doktoranta jest dostarczenie odpowiednio pociętego, zabarwionego i sfotografowanego materiału (skrawków mózgu oposa, które można by przetworzyć na trójwymiarowy atlas) i określenie granic maksymalnej liczby struktur w tym mózgu. Materiałem do dalszej obróbki in silico będą zdjęcia skrawków mózgu oposa przygotowanych specjalnie dla tego projektu. Pierwszym zadaniem doktoranta będzie opracowanie takiego systemu krojenia i barwienia, który w jak najmniejszym stopniu zniekształci skrawki mózgu. Drugim zadaniem będzie fotografowanie skrawków pod dużym powiększeniem (40x) w posiadanym przez nas systemie Neurolucida. Zadaniem trzecim będzie identyfikacja wszystkich możliwych do zidentyfikowania struktur mózgu. Dla określenia ich granic konieczne będzie wykonanie wielu barwień na białka wiążące wapń, esterazę acetylocholinową, serotoninę i innych na sąsiednich seriach skrawków. Po złożeniu wirtualnych skrawków zabarwionych różnymi metodami w strukturę trójwymiarową (zadanie pracowni doc. Wójcika) powstanie trójwymiarowy atlas mózgu oposa, gdzie możliwe będą wirtualne przekroje pod dowolnym kątem. W opracowaniu wyników wykorzystane zostaną wcześniej zebrane w naszej pracowni dane na temat topografii jąder wzgórza oposa i ich połączeń z okolicami kory nowej, badania okolicy śródwęchowej kory oraz badania jąder przodomózgowia i pnia mózgu, prowadzone wspólnie z Prof. J. Morysiem, a także dane literaturowe. Konieczne jednak będzie własne opracowanie topografii struktur międzymózgowia i móżdżku i te badania, oraz całościowe porównanie anatomii mózgu oposa i szczura i znalezienie cech wspólnych i odrębnych, wynikających z odrębnej drogi ewolucji oraz odmiennych uwarunkowań ekologicznych będą podstawą pracy doktorskiej kandydata.

Wymagania:
Wcześniejsze doświadczenie w pracy laboratoryjnej, zwłaszcza związanej z krojeniem i barwieniem skrawków mózgu różnymi metodami będzie dużą zaletą. Niezbędna jest zdolność do nauczenia się obsługi skomplikowanego systemu komputerowej analizy obrazów mikroskopowych oraz opanowania złożonej anatomii mózgu. Kandydaci powinni mieć tytuł magistra biologii lub ekwiwalentny tytuł z dziedzin pokrewnych w momencie podjęcia pracy oraz dobrą znajomość języka angielskiego.