Jednym z wyzwań dzisiejszych neuronauk jest integracja olbrzymiej ilości danych różnych typów pozyskiwanych w badaniach na zwierzętach. To zadanie wymaga wspólnego przestrzennego układu odniesienia jakim jest atlas mózgu. Pierwsze atlasy prezentowały dane strukturalne w postaci dwuwymiarowych ilustracji. Ale mózg nie jest płaski! Żeby pomóc badaczom w orientacji w jego objętości i ułatwić umiejscawianie różnych typów danych w przestrzennych strukturach mózgu, stworzono trójwymiarowe atlasy mózgu (atlasy w formie trójwymiarowego komputerowego modelu struktur mózgu).

Do niedawna atlasy 3D były tworzone przy użyciu kosztownych narzędzi oraz technik, które nie pozwalały na łatwe odtwarzanie, poprawę i integrację wyników. Żeby wspierać powtarzalne badania naukowe i dystrybucję danych w tej dziedzinie zaproponowaliśmy wygodny format do przechowywania i dystrybucji dwuwymiarowych obrysów struktur mózgu czy innych równoważnych danych (wspólny format atlasowy, ang. Common Atlas Format, CAF). Stworzyliśmy również darmowy pakiet oprogramowania (z otwartym kodem źródłowym) do rekonstrukcji trójwymiarowych struktur na podstawie dwuwymiarowych danych, który nazywamy Rekonstruktorem Atlasów Mózgów 3D (ang. 3D Brain Atlas Reconstructor, 3dBAR), który upraszcza proces rekonstrukcji. Oprogramowanie zostało zaprojektowane w sposób ułatwiający współpracę różnych narzędzi neuroinformatycznych poprzez użycie otwartych formatów danych, oraz pozwalający na łatwe dodawanie nowych danych i tworzenie nowych atlasów.