Od początku swojej działalności Instytut Nenckiego prowadził intensywną działalność wydawniczą. Czasopismem, które jest wydawane nieprzerwanie (z wyjątkiem lat wojennych) niemal od początku istnienia Instytutu jest Acta Biologiae Experimentalis, które w roku 1969 zmieniło tytuł na Acta Neurobiologiae Experimentalis. W latach 1963-2006 Instytut wydawał czasopismo Acta Protozoologica, a przez pewien czas również Zwierzęta laboratoryjne (1973-1980), a w latach 1953-1974 Polskie Archiwum Hydrobiologii. Własne wydawnictwa publikowały również stacje terenowe Instytutu: Stacja Hydrobiologiczna na Wigrach wydawała Archiwum Hydrobiologii i Rybactwa, a Stacja Morska wydawała Biuletyn Stacji Morskiej w Helu. W grudniu 2004 r. Instytut rozpoczął wydawanie internetowego Tygodnika Nenckiego. Poza czasopismami Instytut opublikował szereg monografii oraz publikacji okolicznościowych przygotowanych przez jego pracowników.