Instytut posiada kategorię A+, przyznawaną w Polsce instytucjom o najwyższym potencjale naukowym. Kadra naukowa Instytutu Nenckiego to ponad 130 badaczy, w tym 28 profesorów zwyczajnych, którzy stosując najnowocześniejsze metody badawcze w połączeniu z precyzyjnymi narzędziami, realizują ambitne, interdyscyplinarne projekty. Główny nurt badań skupia się na nowych terapiach oraz metodach diagnostycznych w zakresie chorób neurodegeneracyjnych, zaburzeń metabolicznych, nowotworów i innych schorzeń , które dotykają współczesnych ludzi. . Naukowa działalność instytutu wspierana jest przez pracownie usługowe, które oprócz prowadzenia własnych badań, oferują szeroki zakres usług, w tym badania przedkliniczne, sekwencjonowanie DNA, produkcję zwierząt transgenicznych i obrazowanie biologiczne, od mikroskopii świetlnej oraz elektronowej aż po obrazowanie rezonansem magnetycznym. Wprowadzona strategia wspierania innowacyjności owocuje stałym wzrostem liczby publikacji oraz liczby wynalazków objętych patentami krajowymi i zagranicznymi, a także stymuluje współpracę naszego instytutu z przemysłem.
Instytut Nenckiego to jedna z najstarszych nieuniwersyteckich placówek badawczych w kraju. Powstał on w 1918r. w Warszawie przy Towarzystwie Naukowym Warszawskim, z inicjatywy Kazimierza Białaszewicza, Romualda Minkiewicza i Edwarda Flataua. Instytut nazwano imieniem profesora Marcelego Nenckiego- wybitnego polskiego chemika, lekarza i fizjologa, uważanego za jednego z twórców współczesnej biochemii. Prężną działalność naukową Instytutu przerwała II Wojna Światowa, w czasie której został on całkowicie zniszczony, zginęła również większość pracowników Instytutu. Po wojnie tymczasowa siedziba Instytutu Nenckiego znajdowała się w Łodzi, zaś transfer do nowo wybudowanej siedziby w Warszawie, przy ul. Pasteura 3, rozpoczęto w 1953r. Pod tym adresem Instytut Nenckiego działa do dziś.