Informacje o pracowni

Naszym celem jest zapewnienie grupom badawczym dostępu do potęgi nowoczesnych metod obliczeniowych, bioinformatycznych i statystycznych, w szczególności związanych z uczeniem maszynowym i wykorzystaniem wielkich danych. Wspieramy w automatyzacji badań i wdrażaniu paradygmatu otwartej nauki, opracowywujemy też dedykowane rozwiązania niestandardowych problemów.

Usługi

• Analizujemy dane z eksperymentów wysokoprzepustowych: proteomicznych, transkryptomicznych (w tym single-cell) i genetycznych, też w modelu multi-omics i z wykorzystaniem metod uczenia maszynowego. Pomagamy też zaplanować taki eksperyment.
• Oferujemy zautomatyzowaną analizę sygnałów (w tym fizjologicznych i behawioralnych) i obrazów (w szczególności mikroskopowych). Pracujemy na dużych danych i jesteśmy w stanie zaoferować dedykowane rozwiązania.
• Prowadzimy analizy ontologiczne, reanalizy i pomagamy szukać biologicznej interpretacji wyników.
• Wykonujemy profesjonalne wykresy i wizualizacje danych i wyników analiz, w tym rozwiązania interaktywne.
• Oferujemy rozwiązania wspomagające zbieranie i integrację wyników.
• Jesteśmy też otwarci na niestandardowe zagadnienia i opracowywanie nowych, dedykowanych metod analizy.

Co do zasady, analizy prowadzimy w pełni powtarzalny sposób i opieramy się na wolnym oprogramowaniu – wraz z wynikami i wizualizacjami dostarczamy repozytorium ze skryptami pozwalającymi je odtworzyć z surowych danych. Pozwala to osiągnąć zgodność z najwyższymi standardami otwartej nauki.

Dysponujemy dostępem do zasobów obliczeniowych Instytutu Nenckiego (Biopixel), w przypadku większych zdań doradzimy jak uzyskać grant obliczeniowy w zewnętrznym centrum HPC (dla projektów naukowych) lub jak optymalnie skorzystać z komercyjnych zasobów chmurowych. Doradzimy także w kwestii zarządzania danymi badawczymi.