Profil badawczy

Misją pracowni jest zapewnienie wsparcia bioinformatycznego na światowym poziomie dla grup badawczych w Instytucie Nenckiego. Główną formą naszej działalności są wspólne projekty z grupami doświadczalnymi, w których odpowiadamy za część bioinformatyczną. Nasze własne zainteresowania badawcze obejmują: genomikę regulacji, wnioskowanie statystyczne, systemy dynamiczne oraz dynamikę molekularną białek i kompleksów wielkocząsteczkowych.

Bieżąca aktywność usługowa

• Wsparcie metod wielkoskalowych: genomicznych, transkryptomicznych i proteomicznych; przetwarzanie wstępne, analiza statystyczna, funkcjonalna i wizualizacja. Obecnie realizujemy 5 projektów (4 – w oparciu wyniki spektrometrii mas, 1 – w oparciu o dane genomiczne); z obszarów neurobiologii, bioenergetyki i neuroonkologii; we współpracy z 5 grupami badawczymi z Instytutu Nenckiego.
• Analiza statystyczna i obrazowanie wielowymiarowych danych. Obecnie 4 projekty; jeden we współpracy z Pracownią Neuroplastyczności  – integrujący dane dotyczące białek, mRNA i metabolitów dla kilku struktur mózgu zwierząt w różnym wieku; oraz 3 we współpracy z Pracownią Bioenergetyki i Błon Biologicznych  – łączący dane biochemiczne, mikroskopowe i funkcjonalne.
• Analiza obszarów regulatorowych i utrzymywanie bazy danych genomicznych Nencki Genomics Database. Obecnie 2 projekty; w kontekście białaczki/raka; we współpracy z Pracownią Cytometrii i Pracownią Przekazywania Sygnału.
• Symulacje dynamiki molekularnej białek o znanej strukturze 3D: przygotowanie, symulacje i analiza trajektorii. Obecnie 5 projektów; w domenach onkologii i badań miopatii; we współpracy z 4 grupami badawczymi z Instytutu Nenckiego.

Bieżąca aktywność badawcza

Całogenomowa analiza otwarości chromatyny w klasycznie i alternatywnie pobudzonym mikrogleju. We współpracy z Pracownią Neurobiologii Molekularnej. Modelowanie dynamiki oddziaływań pomiędzy wybranymi miRNA i czynnikami transkrypcyjnymi w odpowiedzi komórek na stress. We współpracy z Gdańskim Uniwersytetem Medycznym. Identyfikacja bioinformatyczna funkcjonalnych mutacji regulatorowych i ich genów docelowych w raku głowy i szyi. We współpracy z Instytutem Genetyki Człowieka PAN w Poznaniu. Oddziaływania ABeta-42 z małymi peptydami które blokują jego toksyczność. Projektowanie nowych inhibitorów ABeta-42. We współpracy z Pracownią Molekularnych Podstaw Ruchów Komórkowych i  Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute, La Jolla, USA. Mechanizmy generowania ruchu przez motory molekularne. We współpracy z Pracownią Białek Motorycznych. Projektowanie inhibitorów cyklu syntezy tymidylanu oraz ludzkiego kompleksu syntaza tymidylanowa-reduktaza dihydrofolianu. We współpracy z Wydziałem Chemii Politechniki Warszawskiej.

Wybrane publikacje

Nagaraj S., Laskowska-Kaszub K., Dębski K.J., Wojsiat J., Dąbrowski M., Gabryelewicz T., Kuźnicki J., Wojda U. (2017) Profile of 6 microRNA in blood plasma distinguish early stage Alzheimer’s disease patients from non-demented subjects. Oncotarget, doi:10.18632/oncotarget.15109.

Ellert-Miklaszewska A., Wiśniewski P., Kijewska M., Gajdanowicz P., Pszczółkowska D., Przanowski P., Dąbrowski M., Maleszewska M., Kamińska B. (2016) Tumour-processed osteopontin and lactadherin drive the protumorigenic reprogramming of microglia and glioma progression. Oncogene, 35(50): 6366-6377.

Bednarczyk J., Dębski K.J., Bot A.M., Łukasiuk K. (2016) MBD3 expression and DNA binding patterns are altered in a rat model of temporal lobe epilepsy. Sci Rep, 6: 33736.

Antosiewicz A., Jarmuła A., Przybylska D., Mosieniak G., Szczepanowska J., Kowalkowska A., Rode W., Cieśla J. (2016) Human dihydrofolate reductase and thymidylate synthase form a complex in vitro and co-localize in normal and cancer cells. J Biomol Struct Dyn, 5: 1-17.

Dąbrowski M., Dojer N., Krystkowiak I., Kamińska B., Wilczyński B. (2015) Optimally choosing PWM motif databases and sequence scanning approaches based on ChIP-seq data. BMC Bioinformatics, 16: 140.