BD FACSAria I™ Cell Sorter, w który wyposażone jest Laboratorium Cytometrii, został zmodernizowany do systemu BD FACSAria IIu. Jest to pierwszy łatwy w obsłudze cytometr laboratoryjny, który zapewnia szybkie sortowanie i analizę wielokolorową z doskonałą czułością fluorescencji. Jest wyposażony w kuwetę przepływową o stałym ustawieniu, która zapewnia doskonałą czułość fluorescencji. Może jednocześnie wykryć do 11 parametrów (2 sygnały rozproszenia i do 9 parametrów fluorescencji), wykorzystując 3 chłodzone powietrzem lasery na ciele stałym (wyjścia lasera przy 405 nm, 488 nm i 633 nm) oraz stały system ustawiania optycznego umożliwiający wiele konfiguracji i szeroka gama fluorochromów. FACSAria umożliwia cyfrową akwizycję z szybkością do 70 000 komórek na sekundę. BD FACSAria jest w stanie sortować na dwu- i czterokierunkowe urządzenia do sortowania masowego dla różnych rozmiarów probówek (mikroprobówki, probówki testowe 12 x 75 ml, probówki Falcon 15 ml). Cytometr może sortować przy użyciu automatycznego modułu osadzania komórek (ACDU) do płytek wielodołkowych lub na szkiełku mikroskopowym. Sortownik wyposażony jest w System Zarządzania Aerozolami, który usuwa wszelkie aerozole z komory sortowniczej oraz posiada system chłodniczy umożliwiający schłodzenie sortowanej próbki. Stacja robocza FACSAria wyposażona jest w oprogramowanie BD FACSDiva służące do gromadzenia, przechowywania i analizy danych cyfrowych.