Analiza cytometryczna wykorzystana w analizie różnych cząsteczek wewnątrzkomórkowych, uwzględniająca protokoły barwienia wewnątrzkomórkowego. W celu wybarwienia antygenów wewnątrzkomórkowych, komórki są utrwalane, a następnie poddane permeabilizacji przed dodaniem przeciwciała do wykrywania. Ta procedura utrwalania/permeabilizacji umożliwia przejście przeciwciała przez błonę plazmatyczną do wnętrza komórki, przy zachowaniu cech morfologicznych.