Dział zapewnia obsługę księgową Instytutu oraz ekspertyzę finansową i pomoc w zarządzaniu funduszami badawczymi. Pracownicy Działu Finansowo-Księgowego czuwają ponadto nad zachowaniem przejrzystości finansów i gospodarowania zasobami finansowymi Instytutu zgodnie z Prawem Zamówień Publicznych.