Novaseq 6000 to najnowocześniejszy wysokoprzepustowy sprzęt służący do sekwencjonowania nowej generacji, którego elementy składają się z modułu hydraulicznego: pompy i kanały z laminarnym przepływem odczynników niezbędnych do przeprowadzenia reakcji sekwencjonowania, próżnia do kontroli pozycjonowania laminarnej komory przepływowej, lasery i elementy optyczne do detekcji i rejestracji fluorescencji i rejestracji sygnałów w celu zapisu sekwencji odczytywanego kwasu nukleinowego, moduły chłodzące odczynniki i środowisko reakcji, elementy elektryczne (płyta główna i inne płyty sterujące), a także komputer obsługujący zapis danych i kontrolę urządzenia, który składa się z dwóch systemów: Windows i Linux.