Rada Naukowa Instytutu Nenckiego na posiedzeniu dnia 11 kwietnia 2014 r., na wniosek władz Wydziału II Nauk Biologicznych i Rolniczych PAN, podjęła uchwałę o przyjęciu misji i strategii Instytutu oraz sposobach realizacji strategii. 

"Misją Instytutu Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN jest dążenie do doskonałości w badaniach podstawowych w obszarze szeroko rozumianych nauk biologicznych, z zachowaniem najwyższej jakości prowadzonych badań w zakresie tworzenia i rozpowszechniania wiedzy, która może być zastosowana w kontekście potrzeb społeczeństwa dla poprawy jakości życia.

Instytut realizuje misję poprzez inwestowanie w kapitał ludzki, nowoczesne technologie badawcze oraz krajową i międzynarodową współpracę naukową. Strategicznymi kierunkami prowadzonymi przez Instytut Nenckiego są badania układu nerwowego oraz biologicznych i molekularnych podstaw chorób cywilizacyjnych.

Inwestowanie w kapitał ludzki jest realizowane poprzez zatrudnianie najlepszych badaczy i zapewnienie optymalnego środowiska dla rozwoju całej kadry badawczej, od doktoranta po profesora zwyczajnego, a także przez wsparcie administracyjne w realizacji projektów badawczych oraz zapewnienie kadrze badawczej szerokich możliwości współpracy naukowej.

Wykorzystywanie wiodących technologii badawczych jest realizowane poprzez zakup lub wytworzenie nowoczesnej aparatury badawczej, zapewnienie dostępu do różnorodnych modeli badawczych, w tym zwierząt transgenicznych, inwestowanie w rozwój technologii komputerowych, stymulowanie wynalazczości oraz otwieranie pracowni środowiskowych (usługowych) zapewniających społeczności naukowej dostęp do unikatowej aparatury badawczej.

Prowadzenie współpracy naukowej jest realizowane poprzez stymulowanie i wspieranie występowania o międzynarodowe projekty badawcze, w tym w ramach umów dwustronnych i programów Unii Europejskiej oraz organizację warsztatów i konferencji o zasięgu międzynarodowym"