Analiza cytometryczna wykorzystana w analizie różnych cząsteczek wewnątrzkomórkowych, uwzględniająca protokoły barwienia wewnątrzkomórkowego. W celu wybarwienia antygenów wewnątrzkomórkowych, komórki są utrwalane, a następnie poddane permeabilizacji przed dodaniem przeciwciała do wykrywania. Ta procedura utrwalania/permeabilizacji umożliwia przejście przeciwciała przez błonę plazmatyczną do wnętrza komórki, przy zachowaniu cech morfologicznych.

Analiza cyklu komórkowego jest bardzo popularnym zastosowaniem w cytometrii przepływowej. Wykorzystując barwienie specyficzne dla DNA, można określić profil DNA, np. określić procent populacji w fazach G0 / G1, S i G2 / M cyklu komórkowego. Informacje te można wykorzystać na przykład do monitorowania efektów leczenia przeciwnowotworowego. Możliwość dalszej analizy danych z wykorzystaniem software’u ModFit.

Analiza danych cytometrycznych z wykorzystaniem różnych programów: FlowJo – pozwala na analizę oraz wizualizację danych cytometrycznych, dodatkowy algorytm tSNE umożliwia graficzną prezentację heterogenicznych populacji komórek na podstawie wieloparametrowych oznaczeń cytometrycznych, ModFit- umożliwia analizę cyklu komórkowego z rozdzieleniem na poszczególne fazy.

Analiza wykorzystująca barwniki lipofilowe kationowe, takie jak JC-1, TMRE (ester etylowy tetrametylorodaminy), DiOC6 (3), DiIC1 (5), CMXRos (MitoTracker Red), LDS-751 i rodamina 123, które lokalizują się w poprzek wewnętrznej błony mitochondrialnej. Utrata potencjału błonowego jest wykrywana jako utrata barwnika z błony lub zmiana fluorescencji barwnika, w miarę spadku potencjału transbłonowego.

Metoda detekcji RNA będąca połączeniem hybrydyzacji in situ oraz wysokiej rozdzielczości metody cytometrycznej. Test ten umożliwia jednoczesne wykrywanie do czterech wybranych RNA w połączeniu z immunofenotypowaniem komórek i białek wewnątrzkomórkowych przy użyciu przeciwciał sprzężonych z fluorochromem.