Filter results
Filtruj
  • Bioinformatyka
  • Cytometria przepływowa
  • Mikroskopia
  • Spektroskopia
  • Preparatyka
  • Obrazowanie
  • Badania In Vivo
  • Techniki molekularne
  • Analiza

Analiza cytometryczna wykorzystana w analizie różnych cząsteczek wewnątrzkomórkowych, uwzględniająca protokoły barwienia wewnątrzkomórkowego. W celu wybarwienia antygenów wewnątrzkomórkowych, komórki są utrwalane, a następnie poddane permeabilizacji przed dodaniem przeciwciała do wykrywania. Ta procedura utrwalania/permeabilizacji umożliwia przejście przeciwciała przez błonę plazmatyczną do wnętrza komórki, przy zachowaniu cech morfologicznych.

Analiza cyklu komórkowego jest bardzo popularnym zastosowaniem w cytometrii przepływowej. Wykorzystując barwienie specyficzne dla DNA, można określić profil DNA, np. określić procent populacji w fazach G0 / G1, S i G2 / M cyklu komórkowego. Informacje te można wykorzystać na przykład do monitorowania efektów leczenia przeciwnowotworowego. Możliwość dalszej analizy danych z wykorzystaniem software’u ModFit.

Analiza danych cytometrycznych z wykorzystaniem różnych programów: FlowJo – pozwala na analizę oraz wizualizację danych cytometrycznych, dodatkowy algorytm tSNE umożliwia graficzną prezentację heterogenicznych populacji komórek na podstawie wieloparametrowych oznaczeń cytometrycznych, ModFit- umożliwia analizę cyklu komórkowego z rozdzieleniem na poszczególne fazy.

Wsparcie wielkoskalowych metod genomicznych (RNA-seq, ChIP-seq, DNase-seq): filtracja, uliniowienie, mapowanie, analiza statystyczna, funkcjonalna i wizualizacja.
Wsparcie wielkoskalowych metod mikromacierzowych (wspieranych przez R/Bioconductor): przetwarzanie wstępne, analiza statystyczna, analiza funkcjonalna i wizualizacja.
Analiza i wizualizacja obszarów regulatorowych genów wykorzystujące bazę danych Nencki Genomics Database (człowiek, mysz, szczur).

Analiza wykorzystująca barwniki lipofilowe kationowe, takie jak JC-1, TMRE (ester etylowy tetrametylorodaminy), DiOC6 (3), DiIC1 (5), CMXRos (MitoTracker Red), LDS-751 i rodamina 123, które lokalizują się w poprzek wewnętrznej błony mitochondrialnej. Utrata potencjału błonowego jest wykrywana jako utrata barwnika z błony lub zmiana fluorescencji barwnika, w miarę spadku potencjału transbłonowego.

Metoda detekcji RNA będąca połączeniem hybrydyzacji in situ oraz wysokiej rozdzielczości metody cytometrycznej. Test ten umożliwia jednoczesne wykrywanie do czterech wybranych RNA w połączeniu z immunofenotypowaniem komórek i białek wewnątrzkomórkowych przy użyciu przeciwciał sprzężonych z fluorochromem.

Wsparcie wielkoskalowych metod proteomicznych: parsowanie plików wynikowych, wsparcie bazodanowe, analiza statystyczna, analiza funkcjonalna i wizualizacja.
We współpracy z partnerami doświadczalnymi przeprowadziliśmy dotychczas integrację danych dotyczących białek, mRNA i metabolitów dla kilku struktur mózgu zwierząt w różnym wieku, a także stabelaryzowanych danych biochemicznych, mikroskopowych i funkcjonalnych.
1 2 3 . . . 6