Priorytetem Instytutu Nenckiego jest prowadzenie badań naukowych na najwyższym poziomie, generujących znaczący dorobek naukowy w zakresie tworzonej i upowszechnianej wiedzy, która może następnie posłużyć w kontekście szerszych potrzeb społecznych do poprawy jakości życia. Swoje Pracownie badawcze prowadzi tu ponad 40 naukowców. Ich badania nakierowane są głównie na zrozumienie natury i przyczyn chorób i patologii, stanowiących ogromne wyzwania, przed którymi stoi dzisiejsza medycyna i farmakologia, co ma na celu opracowanie skutecznej diagnostyki i terapii.
Instytut Nenckiego prowadzi szeroko zakrojoną współpracę międzynarodową z ośrodkami akademickimi i badawczymi na całym świecie. Jest ona realizowana za pośrednictwem tradycyjnych umów dwustronnych, jak również bezpośrednich kontaktów naukowych. Owocem pogłębianych z roku na rok kontaktów z partnerami zagranicznymi jest rosnąca liczba międzynarodowych projektów badawczych, jak i wzrost liczby publikacji powstających w wyniku współpracy z zagranicznymi jednostkami naukowymi.